На базі Інституту Екуменічних Студій діють такі навчальні програми:
 
•    Магістерська програма екуменічних наук
Спеціалізації:
- журналістика;
- християнська етика;
- медико-психологічний та соціальний супровід осіб з особливими потребами.

•    Дистанційна магістерська програма екуменічних наук 
Програма має два відділення:
- для україномовних студентів - www.dmpen.org.ua
Спеціалізації: журналістика, християнська етика

 - для англомовних студентів - www.iesdistance.org.ua
Спеціалізація: екуменічні науки

•    Річна сертифікатна програма "Медико-психологічний та соціальний супровід осіб з особливими потребами"