За час свого існування ІЕС започаткував і розвиває наступні проекти:
Навчальні: 1.
Магістерська програма екуменічних наук
Спеціалізації:
− журналістика;
− християнська етика;
− медико-психологічний та соціальний супровід осіб з особливими потребами.
Програма, яка готує фахівців, здатних професійно здійснювати медико-психологічний та соціальний супровід осіб з особливими потребами.
3. Дистанційна магістерська програма екуменічних наук Програма має два відділення: − для україномовних студентів - www. dmpen.org.ua.
Спеціалізації:
журналістика,
християнська етика − для англомовних студентів
Спеціалізація: екуменічні науки - www.iesdistance.org.ua.
• Екуменічний Соціальний Тиждень 
Цей прект постав з ініціативи Інституту Екуменічних Студій у співпраці з Українським Католицьким Університетом, Львівською міською радою та Львівською обласною радою і облдержадміністрацією у Львові в 2008 році. 2009 року було проведено 2-ий Екуменічний Соціальний Тиждень. Третій Екуменічний тиждень відбувся у жовтні 2010 року. Цьогоріч 4-ому Екуменічному Соціальному Тижню передуватимуть інформаційні дні, які є складовою розбудови Національної мережі Екуменічних тижнів у різних містах України.
• Конкурс "Репортери надії в Україні"
Навесні 2009 року Інститут Екуменічних Студій провів І Всеукраїнський конкурс для журналістів "Репортери надії в Україні". Конкурс створено на зразок французького проекту (www.reportersdespoirs.org). У 2011 році відбудеться ІІ Всеукраїнський конкурс "Репортери надії в Україні".
• Інтернет-видання «Духовність
Інститут екуменічних студій у жовтні 2010 року відкрив новий християнський 
медіа-проект «Духовність». Це щомісячне інформаційне видання екуменічного характеру в Україні. Виходить українською та російською мовами. Інтернет-видання «Духовність» створено ІЕС у співпраці з суспільно-політичною щоденною газетою «Високий Замок». Унікальність проекту полягає у тому, що він створений на базі світського ЗМІ і спрямований до широкого кола читачів.
Ще один проект Інституту екуменічних студій. Християнський календар – це літургійний он-лайн календар традиційних Церков візантійського обряду.
Створений за підтримки та сприяння представників Православних та Греко-Католицької Церков.
Календар подає основні елементи молитовного життя: літургійні богослужіння, молитви, біблійні читання, пам'ять святих (особливо першого тисячоліття) та свят, духовні роздуми від Святих Отців - спільні для Церков.