У 2004 році Сенат Українського Католицького Університету прийняв рішення заснувати Інститут Екуменічних Студій з ціллю:

- реагувати на виклики, спричинені церковним поділом в Україні;

- пропонувати творчі розв'язки світової екуменічної кризи;

- в контексті кризи модернізму пропонувати духовні альтернативи до домінуючої в країнах колишнього СРСР ідеології.

ІЕС діє при Українському Католицькому Університеті, бере активну участь у його житті, має автономний статус. Інститут патронує Почесна Рада.
ІЕС провадить дослідницьку, освітню роботу та практичну діяльність у сфері міжконфесійних та міжрелігійних відносин.